Скорее всего, Вы в диалоге свойств установки на вкладке "Конфигурация" указали в поле "Конфигурационная база данных" путь к _ПРОЕКТНОЙ_ базе данных вместо пути к конфигурационной.
Если это не так, то опишите, пожалуйста, Ваши действия, которые привели к данной проблеме.